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全ゲノムシーケンス解析

KAPA社のKAPA Hyper Prep Kit PCR-freeを用いて全ゲノムシーケンス用ライブラリを調製した後、Illumina社の次世代シーケンサーを用いてシーケンスを行います。
目標出力データ量をご相談いただけます。
本サービスは、iPS細胞を用いた再生医療の研究開発を推進している研究機関・企業を対象にサービスを提供しています。

特⾊

  • KAPA社
    KAPA Hyper Prep-kit PCR-freeを用いた全ゲノムシーケンス用ライブラリの調製
  • Illumina社の
    次世代シーケンサーを⽤いて151PEでシーケンスを実施
  • オプションでペアサンプルを⽤いた⽐較解析（SNV/Indel解析およびCNV解析）が可能です
  • その他FASTQファイルからの解析もご相談いただけます

サンプル条件

サンプル 精製ゲノムDNA
DNA量※ 1 μg 以上
濃度 10ng/µL 以上
溶媒 DDW
純度 OD260/280：1.8程度以上
  • ※サンプルの定量はQubitで⾏って頂くことを推奨しております。もし他の機器で測定される場合、測定機器名をお知らせ下さい。

シーケンス機器の仕様

ご要望の出⼒データ量に応じて使⽤するフローセルなどご提案いたします。

NovaSeq6000

出⼒リード数(ペアエンド) 2×151bp
SP (2 lane) 1,300-1,600 M 200-250 Gb
S1 (2 lane) 2,600-3,200 M 400-500 Gb
S2 (2 lane) 6,600-8,200 M 1,000-1,250 Gb
S4 (4 lane) 16,000-20,000 M 2,400-3,000 Gb

解析例

2検体の全ゲノムシーケンス解析
ライブラリー作製キット KAPA Hyper Prep Kit PCR-free
使用機種 NovaSeq 6000
シーケンス方法 SPフローセル占有、151bpでのペアエンドシーケンス
平均データ量 100Gb（シーケンス深度 30x）

納品物

  • シーケンスデータ（FASTQファイル等）
  • オプションでご依頼いただいた解析データ
  • 作業の概要

全ゲノムシーケンス解析お申込みの流れ

当財団は、iPS細胞の臨床応用支援のため、iPS細胞を用いて再生医療の研究開発を推進している研究機関・企業を対象に品質評価試験サービスを提供しています。

  1. お客様 お申込み

    ①下記フォームからお申込みください。

    お申込みフォーム
  2. CiRA_F お申込み内容確認

    ②お申込みいただいた内容の確認を⾏い連絡いたします。

  3. お客様 サンプルのご提出

    ③サンプルのご提出をお願いいたします。

  4. CiRA_F 品質評価試験

    ④以下の試験を⾏います。

    • ゲノムDNAの品質確認
    • ライブラリー作製
    • 次世代シーケンサーを⽤いたシーケンシング
    • 変異検出（オプション）
  5. CiRA_F 解析結果のご返却
    費⽤のご請求

    ⑤解析結果をご返却いたします。請求書をお送りいたしますので、期⽇までにお⽀払いをお願いいたします。

関連サービス

  • DNA抽出