シングルセルシーケンス解析

10x Genomics社のChromium Xを用いてシーケンス用ライブラリを調製した後、Illumina社の次世代シーケンサーを用いてシーケンスを行います。
目標解析細胞数、出力データ量をご相談いただけます。
本サービスは、iPS細胞の臨床応用支援を目的としており、iPS細胞を用いて再生医療の研究開発を推進している研究機関・企業を対象に提供しています。

特色

  • 10x Genomics社のChromium Xを用いたシーケンス用ライブラリの調製
  • Illumina社の次世代シーケンサーを用いて10x社標準のサイクルでシーケンスを実施
  • Cell Ranger Analysis Pipelineでの解析を実施します
  • その他の解析もご相談いただけます

サンプル条件

サンプル 生細胞
細胞数 1.0x10^6 cells
細胞密度 5.0x10^5~1.2x10^6 cells/mL
生細胞率 80%以上
溶媒 1xPBS with 0.04% BSA

シーケンス機器の仕様

ご要望の出⼒データ量に応じて使⽤するフローセルなどご提案いたします。

NovaSeq6000

フローセルタイプ 出⼒リード数(ペアエンド) 2 x 50 bp
SP (2 lane) 1,300-1,600 M 65-80 Gb
S1 (2 lane) 2,600-3,200 M 134-167 Gb
S2 (2 lane) 6,600-8,200 M 333-417 Gb

NextSeq500

フローセルタイプ 出⼒リード数(ペアエンド) 2 x 75 bp
High-Output 800 M 50-60 Gb
Mid-Output 260 M 16.25-19.5 Gb
  • 出力データ量は目安であり、保証するものではありません。

解析例

  • 4検体のシングルセルRNAシーケンス解析
  • ライブラリー作製キット: Chromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1
  • 解析に用いる目的細胞数: 1検体5000細胞を目安
  • 使用機種:NovaSeq 6000
  • シーケンス方法:SPフローセル占有、ペアエンドシーケンス
  • 平均データ量:200 Mリード/サンプル

納品物

  • Cell Ranger Analysis Pipelineを用いた解析結果(FASTQファイル等)
  • オプションでご依頼いただいた解析データ
  • 作業の概要

シングルセルRNAシーケンス解析お申込みの流れ

  1. お客様 お申込み

    下記フォームからお申込みください。

    お申込みフォーム

  2. CiRA_F お申込み内容確認

    お申込みいただいた内容の確認を⾏い連絡いたします。

  3. お客様 サンプルのご提出

    サンプルのご提出をお願いいたします。

  4. CiRA_F 品質評価試験

    以下の試験を⾏います。

    • 生細胞の品質確認
    • ライブラリー作製
    • 次世代シーケンサーを⽤いたシーケンシング
  5. CiRA_F 解析結果のご返却
    費⽤のご請求

    解析結果をご返却いたします。請求書をお送りいたしますので、期⽇までにお⽀払いをお願いいたします。

関連サービス

  • デブリ、死細胞除去